El Sistema de Monitoreo y Evaluación es un subsistema del Plan General y tiene como propósitos esenciales establecer mecanismos de retroalimentación a los procesos de trabajo y rendir cuenta de nuestro trabajo a todos los niveles de la organización. El Sistema de Monitoreo y Evaluación se complementan en la medida en que el primero se refiere a una evaluación formativa y de proceso, que da origen a consejos para mejorar los desempeños; y, el segundo, se refiere a una evaluación de resultados, aplicada al final de cada actividad para medir los resultados. Para el monitoreo y para la evaluación de resultados se manejarán CRITERIOS, INDICADORES e INTRUMENTOS diferentes.
Considerando que la Agenda Indígena Amazónica es una acción que engloba otras acciones y documentos que ayudan a entender su síntesis conceptual y operativa. La síntesis conceptual trae en su diseño toda la problemática que enfrentamos como pueblos y organizaciones indígenas en el seno de la Cuenca Amazónica, es decir los desafíos que enfrentamos sea en cada uno de los países, sea los que engloban las fronteras y afectan a todos nosotros. La síntesis conceptual son las acciones que deben ser desarrolladas en la cuenca amazónica cuyo objetivo es lograr disminuir los desafíos, dan-do respuestas a nuestras necesidades, por medio de nuestras potencialidades.
En este sentido la evaluación de las acciones a raíz de las acciones definidas individualmente y en su conjunto en la Agenda Indígena Amazónica son fundamentales. La Agenda Indígena Amazónica es como un canasto no se puede llegar a ser un canastro sin el entretejidos de las fibras, así es la Agenda Indígena Amazónica un conjunto en lo que no se puede lograr uno sin hacer el esfuerzo para atender su colectividad. La Agenda Indígena Amazónica es una respuesta a la carencia de orientaciones de lo que debe hacer y como hacer para lograr nuestra sostenibilidad humana, ambiental, económica y territorial los que vivimos y soñamos en la Amazonía que no es solamente un ambiente natural, es fundamentalmente ambiente espiritual, libre y de paz.