En la Cuenca Amazónica existen aproximadamente 80 pueblos en situación de estado natural. Se conoce de 53 en Brasil, 20 en Perú, 3 en Ecuador. Muchos de estos pueblos ocupan zonas fronterizas (Ecuador-Perú, Perú-Brasil). El nivel de vulnerabilidad que enfrentan tiende a incrementarse como resultado de la presión sobre sus espacios territoriales por parte de grandes intereses petroleros, madereros y construcción de carreteras. Si bien se han dado algunas medidas importantes para su protección, como las áreas intangibles en Ecuador, o la Reserva del Estado Nahua Kugapakori en Perú, estas disposiciones no han impedido que se provoquen enfrentamientos tanto entre nosotros como principalmente con los invasores. Como el caso de la masacre a los Taromenane en Ecuador, incentivada por madereros; enfrentamientos entre Pueblos en Aislamiento con los Asháninka en Ucayali, como producto también de la ocupación territorial de madereros. O la concesión para explotación hidrocarburifera, el Proyecto Camisea en el corazón del territorio reservado, en Perú. País en el cual todos los territorios oficialmente reconocidos a favor de pueblos en estado natural, sin excepción, se encuentran invadidos por madereros, petroleras, religiones y sectas, investigadores, compañía cinematográfica con lamentable complacencia, sea por acción u omisión, de los entes del Estado.

AIDESEP es la organización que cuenta con una estrategia específica para la defensa de estos pueblos. Asume una representación solidaria y a través de su Programa de Pueblos Indígenas en Aislamiento Voluntario, y entre otras acciones ha elaborado una Propuesta de Régimen Especial sobre pueblos indígenas en aislamiento y estabilidad jurídica para sus territorios. Ha realizado gestiones para el retiro de agentes externos que han invadido los territorios de estos pueblos. Pero, no existe aún ningún nivel de coordinación entre las organizaciones miembros para un tratamiento común de defensa de los pueblos en aislamiento voluntario ubicados en zonas de frontera.