Esta visión multidimensional e integral del territorio, no es fácilmente comprendida. A ella se enfrenta a la visión presente en los Estados Nacionales de que la tierra es un bien exclusivamente productivo y sujeto a propiedad privada o colectiva, pero regulada des-de el régimen civil. Es decir que es un bien enajenable, transferible, susceptibles de gravámenes y de prescripción adquisitiva del dominio.

Si bien, a través del reconocimiento de derechos en las constituciones y a través del Convenio 169 de la OIT, en gran parte los países de la región se pudo superar esta visión, otorgando a las tierras indígenas el carácter de inembargables, inalienables e imprescriptibles , hay aún varios aspectos del derecho al territorio que siguen siendo controversiales y aún no han logrado ser reconocidos por la mayor parte de los Estados Nacionales y en cierta medida también a nivel internacional.

El Estado se reserva derechos sobre bienes que forman parte integral del territorio: el subsuelo, recursos no renovables, en algunos casos los recursos forestales, la fauna, las lagunas, ríos, aplicando regímenes legales diferenciados a los distintos componentes de la naturaleza. Se produce así una desintegración jurídica de los territorios, que no solo dificulta su control y gestión, sino que además es la causa de los mayores conflictos que soportan, incluso para aquellos que han obtenido el reconocimiento legal de la tierra, provocando una gran vulnerabilidad a las condiciones de vida de las presentes y futuras generaciones de los pueblos.

Dos temas centrales adicionales, forman parte de los desencuentros con estas nociones del Estado en varios de los países de la región y que debilitan enormemente el ejercicio del derecho al territorio. La fragmentación jurídica de los pueblos indígenas y los alcances del ejercicio de la autoridad propia para el control y el gobierno territorial, a pesar de algunos avances constitucionales, nos ponen en una diversidad de formas de reconocimiento legal, (comunidades nativas, en Perú, en Ecuador centros, asociaciones, comunas), cuestión que dificulta el ejercicio de los derechos territoriales como pueblos. En cuanto a las competencias de las autoridades propias para la gestión territorial, se suele poner mayor énfasis en la necesidad de que los territorios sean manejados y no tanto gobernados.