O trabalho de COICA é moldado como seu organismo indígeno internacional, de quem objetivos, são seguintes:
Promover, desenvolver e impulsionar os mecanismos necessários para a interação dos povos e das organizações indígenas membros da COICA.
Defender as reivindicações territoriais, a auto determinação dos povos indígenas e o respeito aos direitos humanos de seus integrantes.
Coordenar com as organizações membros, ante as diversas instancias intergovernamentais e organizações não governamentais de nível internacional, as diferentes ações dentro da Bacia amazônica.
Fortalecer a unidade e a colaboração mutua entre todos os povos indígenas da região.
Promover a revalorização e reivindicação cultural de seus membros.