El trabajo de COICA se enmarca en su condición de organismo indígena internacional, cuyos objetivos, son los siguientes:

Promover, desarrollar e impulsar los mecanismos necesarios para la interacción de los Pueblos y de las organizaciones Indígenas miembros de COICA.

Defender la reivindicaciones territoriales, la autodeterminación de los Pueblos Indígenas y el respeto a los derechos humanos de sus integrantes.

Coordinar con las organizaciones miembros, ante las diversas instancias intergubernamentales y organizaciones no gubernamentales de nivel internacional, las diferentes acciones dentro de la Cuenca Amazónica.

Fortalecer la unidad y la colaboración mutua entre todos los Pueblos Indígenas de la región.

Promover la revalorización y reivindicación cultural de sus miembros.